《奇妙共感双男主》是一部以未来科技为背景的科幻情感漫画。在不远的未来，一家名为“神经链接”的科技公司发明了一种“情感共享”芯片，旨在消除人与人之间的隔阂。然而实验失控，导致两枚实验芯片流落民间，意外植入了两位背景天差地别的男性脑中——一位是科技公司的精英程序员陆衍，一位是反科技组织的底层黑客顾飞。从此，陆衍能感受到顾飞对强权的愤怒，顾飞能体会到陆衍对理想的迷茫。两人被迫成为“命运共同体”，在追逐与逃亡中，从敌人变成了唯一能理解对方灵魂的人。他们一边躲避公司的追捕，一边试图找出芯片的真相，并在这个过程中，共同对抗着一个将整个人类情感数据化的巨大阴谋。
最终决战时刻，陆衍和顾飞面对制造芯片的疯狂科学家。科学家认为人类的情感是低效的代码，必须被优化。陆衍和顾飞站在他面前，通过共感连接了在场所有人的心跳，形成了一股强大的情感洪流。科学家被这股无法被数据化的“混乱”所震撼，放弃了计划。两人走出废墟，顾飞笑着说：“接下来，我们去哪里？”陆衍第一次没有看地图，而是说：“跟你走。”
顾飞因为得知自己敬仰的导师竟是组织叛徒而陷入暴怒，这股愤怒通过芯片传递给了陆衍，导致陆衍在公司年会上当场失控砸了电脑。陆衍被停职后，没有责怪顾飞，而是通过共感传给他一片“宁静的森林”画面——那是他小时候和爷爷一起种树的地方。顾飞在那片虚拟的森林里平静下来，第一次向陆衍说了“对不起”。
陆衍发现了父亲是芯片项目的早期参与者，而父亲留下的最后一段代码里隐藏着关闭芯片的方法。但这段代码需要用“最纯粹的爱”作为密钥激活。陆衍和顾飞面面相觑，他俩尝试了各种方式都失败。最后，顾飞在陆衍睡着时，笨拙地对着代码说了一句：“虽然你是个书呆子，但……你是我唯一的朋友。”代码竟然激活了。
公司派出追兵，两人逃入一座废弃的数据中心。这里布满了镜像和全息投影，共感在此地被干扰，他们开始分不清哪些感觉是自己的，哪些是对方的。在迷宫的深处，他们被迫交换了身体几分钟，顾飞体验到了陆衍被公司压榨的焦虑，陆衍体验到了顾飞食不果腹的艰辛。走出迷宫后，他们之间再无隔阂。
顾飞为了获取情报潜入公司，却在实验室意外看到了陆衍的档案。原来陆衍是芯片的“自愿适配者”，而非他以为的“无辜者”。顾飞愤怒地通过共感质问陆衍，陆衍在暴雨中找到了顾飞，没有辩解，只是说：“我最初是自愿的，但我不知道会伤害到你。如果可以重来，我宁愿我们没有遇见。”顾飞愣住了，然后骂了一句：“白痴，遇见你是我唯一不后悔的事。”
陆衍正在编写代码时，突然感到后脑一阵剧痛，紧接着眼前出现了陌生又混乱的画面——一个破旧的天台、一个满脸伤痕的少年、以及一股强烈的“想要摧毁一切”的恨意。与此同时，在城市的另一端，顾飞正被仇家围堵，他正准备拼命时，脑海中突然浮现出一串精密的逃跑路线图。两人同时意识到，他们的大脑被什么东西“连接”了。